水質の改善効果が期待できる方法として、砂地の生態系を活用することが挙げられます。水生生物のうち、アサリをはじめとする二枚貝など、ろ過摂食性生物は海水の透明度を改善すると言われています。透明度が上がることで日光が水底面まで届き、藻類が繁殖して光合成が行われ貧酸素状態の改善が期待されます。
このように、海底をきれいな良質な砂で覆う覆砂工事は、底質環境が改善されてアサリなど水生生物の生息数が増加して水質が向上した事例が全国で報告されています。今回、お台場海浜公園では、覆砂によって水生生物の回復を図り、一層の水質改善を目指すこととしました。覆砂の形状は水中の地形などを踏まえて検討を進めるとともに、専門家からもアドバイスを頂いて決定しました。この水域の水深は、深いところで4mあります。水域全面には生物相の改善が期待できる20cm程度の覆砂を行いました。（②青の範囲）東側及び南側は海浜に連続するよう、平均水深が3.0mとなるような浅瀬を造成しました。（①赤の範囲）さらには生物が住みやすくなるよう、高さ50cm程度の砂のマウンドを10カ所程度設置しました。

お台場海浜公園から南方約170kmの海上に、ひょうたん型の島があります。この島は約1,900人余りの方々（2020年8月現在）が住む東京都神津島村です。村には2つの港があります。ひとつが地元漁船の拠点漁港である三浦漁港で、島の中央にそびえる天上山のふもとにあります。漁港の水深を維持するため、東京都港湾局では必要に応じて維持しゅんせつ工事を行っています。しゅんせつした砂は、白くさらさらとしています。これまでもお台場海浜公園の養浜の材料として活用してきました。今回の覆砂工事では、この維持しゅんせつ工事と施工時期が一致したため、しゅんせつした砂を覆砂材として利用しました。神津島より大型の作業船で東京港まで運ばれた砂は、港内のふ頭で小さな台船に積み替えられ、お台場まで搬入されました。海底への投入はバックホウ台船^※で行い、施工管理はGPSを用いて水域を10mメッシュに区切り、メッシュごとに必要な量の砂を投入しました。覆砂の面積は約75,700m²（東京ドーム約1.6個分の広さ）、覆砂量は約22,200m³（10tダンプトラックで約4,000台）となっています。工事の工期は2019（令和元）年12月20日から2020（令和2）年7月8日までです。覆砂作業は6月上旬に完了し、その後、工事の出来高を検証するため覆砂の状態などをダイバーが水中に潜って確認しています。
お台場海浜公園の水底は軟弱な泥の状態でしたが、砂を投入した後、約80日経過した箇所において潜水調査をしたところ、良好な状態で砂層を形成していました。その際、覆砂の表面を注意深く観察すると、砂質を好むアミメオニスピオなどが生息していました。一般的に底泥には有機物が含まれています。この有機物が分解される過程で、水中の溶存酸素が消費されます。これまで夏場のお台場では、水底付近に貧酸素状態が発生することが確認されています。しかし今回、覆砂後に行った8月の調査では、泥質を好むスベスベハネエラスピオなどが生存していることが分かりました。このことは砂質に改善された底質が若干泥化しているものの、底泥中の有機物が消費する酸素量が抑えられ、局所的に貧酸素が解消される方向に変化していることの現れと認識しています。