公益財団法人笹川平和財団は文部科学省ならびに厚生労働省が制定した「研究活動における不正行為への対応等に関するガイドライン」に基づき、会長を最高管理責任者、常務理事（総務担当）を統括管理責任者、経営企画部長を機関管理責任者（コンプライアンス推進責任者）とする管理体制にて公的研究費の運用・管理を行うとともに、公的研究費による研究活動の不正行為などに関する内外からの通報を適切に取り扱うため、公的研究費の適正管理に関する規程等を制定しています。
　また、公的研究費による研究活動の不正行為に関する内外からの通報等に係る相談等に対応するため、通報・相談窓口を経営企画部に設置しています。