当研究所は、海に囲まれた海洋国日本に海洋の総合的管理と持続可能な開発を根付かせるため、様々な取組を行ってきました。
2002年からは有識者による海洋・沿岸域研究委員会を設置し、諸外国の海洋政策の研究、内外の海洋関係機関との意見交換、研究者・行政・メディア関係者などによる研究セミナーなどを通じ、日本の海洋政策のあり方について議論を深めてきました。これに基づき、2005年11月に「21世紀の海洋政策への提言」を取りまとめて政府、政党に提出するとともに、社会に発表して、海洋基本法の制定と海に拡大した「国土」の管理の重要性を訴えました。
これを受けて、2006年4月に超党派の国会議員や海洋関係各分野の有識者が参加する「海洋基本法研究会」（代表世話人：武見敬三参議院議員、座長：石破茂衆議院議員）が設立されました。当研究所は事務局を務め、「海洋政策大綱」及び「海洋基本法（仮称）の概要」の取りまとめに貢献しました。これに基づいて、2007年4月に超党派の議員立法で海洋基本法が制定されました。
その後、海洋基本法の制定に尽力した国会議員や有識者により設立された「海洋基本法フォローアップ研究会」（2007.11〜2012.2）、及びその後身の「海洋基本法戦略研究会」（代表世話人：石破茂衆議院議員、代表世話人代行：武見敬三参議院議員、座長：西村康稔衆議院議員）（2012.2〜）でも、当研究所は引き続き事務局を務めました。同研究会は、我が国初の海洋基本計画の策定（2008.3）、それに基づく我が国の海洋に関する諸施策の策定・実施、さらに新海洋基本計画の策定（2013.4）に際し、研究会が我が国の海洋政策の推進に必要な施策を検討して、次のような提言を行いました。
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