2001年に長崎ペンギン水族館はオープンした。ペンギンに特化した水族館であるが、魚類や無脊椎動物も飼育し、自然体験ゾーンにはビオトープ^※1があり、海ではカヤック体験もできる体験型の水族館である。
ペンギン水族館の前身は長崎水族館（1959～1998年）で、1965年に国内で初めてキングペンギンの繁殖に成功し、1977年にはその三世も国内で初繁殖した。1993年、国内初のジェンツーペンギンの人工育雛に成功。また、エンペラーペンギン「フジ」の国内最長飼育記録28年5カ月、キングペンギン「ぎん吉」の世界最長飼育記録39年9カ月、ペンギンパレードの元祖など、ペンギン飼育に懸けては注目されていた。
しかし、施設の老朽化・入館者減少により運営会社は、これ以上の経営は困難とのことで、1998年3月末に39年間の歴史にピリオドを打った。しばらくはペンギンたちの行方がどうなるのか？と心配したが、市民やペンギンファン等の熱望もあり、長崎市が長崎ペンギン水族館を新設し、すべてのペンギン７種120羽が引き継がれた。
自慢の施設は、亜南極ペンギンプールである。水深4ｍ、2階まで吹抜け構造の水槽は、当時は国内最大級で、2階からは陸部とプールが同時に見え、ヨチヨチ歩きから一転してダイナミックな泳ぎを観察できる。また、温帯ペンギンゾーンは、半屋外施設で生息地の環境を擬岩などで再現している。そして、2006年にはコガタペンギンの飼育施設とペンギングッズ・ギャラリーを増設。2009年には、ペンギンを自然の海で泳がせる「ふれあいペンギンビーチ」を開設。そして、2015年にはヒゲペンギンが名古屋港水族館とアドベンチャーワールドの協力により入館し、世界のペンギン18種類の内、世界一となる9種類を飼育することになった。
約180羽のペンギンたちの７割は長崎生まれで人馴れしている。飼育場はペンギンを間近で観察・体感できるのが特徴である。また、ペンギンパレードや餌やり体験、タッチング等のイベントを通して、ペンギンの体のつくりや運動能力、生態などを学ぶことができる。

本館の横には橘湾が広がり、自然体験ゾーンの海浜部を活用した「ふれあいペンギンビーチ」が2009年にオープンした。Ｕ字型の両側突堤にペンギン脱出防止のネットを張ったシンプルな施設である。満潮時の海面は、縦・横が60ｍ、深い所の水深は3ｍである。10時30分に館内の飼育場よりフンボルトペンギン10数羽が約100ｍ歩いて海へと泳ぎ出す。自然の海なので、網目からはカタクチイワシや小魚、エビやカニなどが入り、ペンギンたちは捕食や好奇心から、飼育場では見られないイルカ泳ぎや潜水行動、四足歩行^※3を見せてくれる。また、砂浜にいる時は、近くで写真撮影も可能であり野生地にいるような錯覚を感じる。
そして15時には係員の誘導で飼育場へ帰る。この施設は、ペンギンたちもお気に入りの様子で、2013年には市民ZOOネットワークのエンリッチメント大賞を受賞した。
日本より遠く離れた生息地も重油流出などによる海洋汚染や海洋ゴミ、餌の減少、生息地の開発や新たな捕食者の侵入、交通事故、地球温暖化、エルニーニョ現象などでペンギンたちの生活が脅かされている。希少なペンギンたちが激減や絶滅しないことを願うと共に、ペンギンを通してこれまで以上に自然や環境教育の必要性を感じ、併せてペンギンたちの研究やさらなる繁殖技術、飼育環境の向上に努めて行きたい。（了）